Analizę składników w postaci jonowej przeprowadzamy za pomocą zintegrowanego systemu Metrohm 940 Professional IC Vario w kompilacji z 930 Compact IC Flex. Zastosowana metoda chromatografii jonowej pozwala na rozdzielenie wielu jonów oraz ich dalszą detekcję. Z uwagi na fakt, że chemiczna supresja pozwala na zredukowanie przewodnictwa tła (szumu linii bazowej) można osiągnąć wysoką czułość techniki i oznaczyć śladowe lub ultraśladowe stężenia analitów (zakres oznaczeń na poziomie PPB). W tym typie analizy szukamy informacji o czystości związku oraz o składzie jonowym badanej próbki.
Metodą chromatografii jonowej oznaczamy również organiczne związki o zróżnicowanej budowie chemicznej, np. aminy czy kwasy karboksylowe.